引起勃起功能障礙的內分泌疾病很多，包括糖尿病、甲狀腺疾病、高泌乳激素血症及睪固酮缺乏。
男性糖尿病患者35~90%都有輕重不一的勃起功能障礙；高血糖會造成大血管硬化，也會使微血管壁變厚、導致小血管滲漏，以及造成自主神經失調。糖尿病除了影響微細血管系統外，其神經病變會減少神經傳導物（如一氧化氮）的產生。血糖控制愈好，對勃起功能障礙愈有利。
甲狀腺疾病是僅次於糖尿病常見的內分泌疾病。63％甲狀腺低能正之患者會有性慾減退、提早射精及遲緩射精等情形，經補充治療後，50％提早射精降到15％，性慾減退及遲緩射精完全消失。甲狀腺機能亢進之患者有50％提早射精，17％有性欲減退及17％有勃起功能障礙。當甲狀腺機能亢進經治療後，提早射精、性欲減退及勃起功能障礙完全消失。
高泌乳激素會抑制腦下垂體之處性腺刺激素分泌賀爾蒙之間歇性釋出，導致睪固酮缺乏引起勃起功能障礙。男性勃起功能障礙有16％是高泌乳激素血症引起的。
睪固酮在青春期會使身體長高，外表變成成熟的人，如鬍子、陰毛及聲帶。在成年人睪固酮則維持及調節男性的氣質及性徵、性功能、精蟲生成以及肌肉、骨骼、皮膚、性器官等發展，以及其他男性身體特徵，高峰期是出現在男性的 25 至 35 歲之間，通常 50 歲以後才逐漸減少而出現不適症狀，包括沮喪、疲憊、性功能低落、暴躁易怒、毛髮逐漸稀疏、皮膚變薄變皺、體重增加、骨骼與肌肉組織退化。若血中黃體激素(LH) 及睪固酮皆低，則可能是腦下垂體腫瘤、體質性青春延遲症或原發性促性腺激素分泌不足的情形；若血中黃體激素(LH)濃度很高 及睪固酮皆低則有可能染色體異常。PSA過高，或疑有攝護腺癌者不宜接受賀爾蒙補充療法。DHEA (Dehydroepiandrosterone) 是人體內自然的賀爾蒙，由人體的腎上腺以膽固醇為原料所製造，會在末梢組織轉換成身體所需的賀爾蒙。在20-30歲時分泌量最高，但隨年齡增加，每年會以1-2%的速率下降，50歲時大約只剩50%，70歲時大約只剩20%，不足以應付身體的需要，因此會出現更年期症狀及許多老化相關的疾病。
